タンパク質は膨大な局所的極小エネルギー状態が存在し、低温で折り畳みシミュレーションを行った場合、それらにトラップされると正確なカノニカル分布を得る事ができない。この問題を解決するためにレプリカ交換法は有用である。本研究では、レプリカ交換法の一般化として疎水性環境とファントム鎖モデルのレプリカ交換法を開発した。疎水性レプリカ交換法は、一般に用いられている温度レプリカ交換法より優れていることが分った。

In protein folding simulation, it is very difficult to obtain the accurate canonical distribution at low temperatures, because protein tend to be trapped in local minimum energy states. For this problem, we developed generalized replica exchage methods involving hydrophobic environment and phantom chain model. We found that hydrophobicity replica exchange method is superior to temparature replica exchange method generally used.