FragmentMO法による蛋白質中のアミノ酸残基間相互作用の解析
阪府大総科
○杉木真一郎，北浦和夫
Abstract
FragmentMO法を用いてアミノ酸残基間の相互作用の解析を行った。FragmentMO法は分子間相互作用の解析から発生した巨大系の計算方法であり、任意の残基間の相互作用を多体相互作用も繰り込んだ形で表現することができる。幾つかの蛋白質について解析を行い、その結果から蛋白質の構造と相互作用の特徴を議論する。
ThetotalenergyofthefragmentMOmethodisexpressedasasumofpairinteractionenergiesbetweenfragments Themethod,therefore,canbeusedforanalyzingnon-bondinginteractioninamolecule Usingthemethod,interactionsbetweenaminoacidresiduesinsomeproteinsareanalyzed Theresultsshowthatthesecondarystructureshavethecharacteristicsofinter-residueinteractions